Η αρχαία Απτέρα ιδρύθηκε στο χαμηλό ύψωμα Παλιόκαστρο, σε ένα τόπο που παραμένει μοναδικός για τη φυσική του ομορφιά, με τον πανέμορφο κόλπο της Σούδας στα βόρεια και την επιβλητική οροσειρά των Λευκών Ορέων στα νότια. Η εξαιρετική, φυσικά οχυρή, θέση της πόλης, αποδείχτηκε ιδανική και τη βοήθησε ώστε να αναπτυχθεί και να γίνει το σημαντικότερο εμπορικό και πολιτικό κέντρο της Δυτικής Κρήτης. Με τα δυο της λιμάνια, τη Μινώα (σημερινό Μαράθι) και τη Κίσαμο (κάτω από το χωριό Καλάμι) η Άπτερα ήλεγχε όλη τη θαλάσσια δραστηριότητα στο μεγάλο κόλπο της Σούδας, ενώ προστατευόταν από μεγάλο κυκλώπειο τείχος.Στο χώρο έχουν επίσης ανασκαφεί μικρός ναός, μεγάλη ιδιωτική οικία με περίστυλη αυλή, θέατροαπό το οποίο έχουν αποκαλυφτεί το κοίλο, η ορχήστρα και το πρώτο διάζωμα καθώς και νεκρόποληδυτικά της πόλης με λαξευτούς τάφους.